Fin décembre 1997, il est condamné à une peine de six mois de prison avec sursis et 30 000 F d'amende pour favoritisme, après l'octroi, de décembre 1991 à décembre 1993, sans mise en concurrence ni appels d'offres ni contrat, du marché d'impression du journal municipal nantais. Il a depuis bénéficié d'une réhabilitation de plein droit.
À l’approche de l’élection présidentielle de 2007, il proclame dès septembre 2006 son soutien à Ségolène Royal dans le cadre des primaires organisées par le Parti socialiste.
Proche du nouveau président de la République François Hollande, il soutient ce dernier dans le cadre de la primaire socialiste de 2011 et participe activement à sa campagne présidentielle.
Jean-Marc Ayrault a été nommé Premier ministre le 15 mai 2012 par François Hollande.
